Biển Celebes có một số tai tiếng về vấn nạn cướp biển. Cướp biển trong khu vực biển Celebes không chỉ cướp bóc các tàu thuyền đánh cá nhỏ mà ngay cả các tàu chuyên chở container lớn. Hiện nay, các nhóm cướp biển này còn được trang bị các loại vũ khí công nghệ cao cũng như các trang thiết bị như radar và các thiết bị hoa tiêu GPS trên các tàu có tốc độ lớn.